実験医学別冊　型で実践する生物画像解析　ImageJ・Python・napari

概要

生物画像解析は生命科学研究の現場で必須の技法になりつつある．解析手法は複雑化・多様化を続けており，論文として成果を示す際には，使用ソフトウェア名の記載にとどまらず，解析過程を科学的に説明することが求められるようになってきた．本書『型で実践する生物画像解析 ImageJ・Python・napari』では，さまざまな研究プロジェクトで用いられてきた生物画像解析の作業工程を，武道における「型」として紹介し，その背後にあるロジックを解説する．

本書で扱うツールはImageJ（Fiji）とPythonの2つのエコシステムである．Fijiは無償で提供されるオープンソースの生物画像解析ソフトであり，膨大なプラグイン群により豊富な解析資源が蓄積されている．一方，Pythonは機械学習実装の充実や，GUIによる生物画像解析を可能にしたnapariの登場により，生物画像解析でも利用が急速に拡大している．

内容は基礎編，実践編，論文投稿編，発展編，付録で構成される．基礎編では生物画像解析の枠組み，Jythonを用いたFiji環境での工程記述，napariの利用，Google Colaboratoryを含むクラウド環境での画像解析などを扱う．